El pasado día 18 de Junio se celebró el sorteo de los 6 grupos de la edición 2008/2009 de la Heineken Cup, en la que el Munster defenderá título. Cabe recordar, que para evitar grupos "de la muerte", se llevó acabo una clasificación de los equipos particpantes en la Heineken Cup, teniendo en cuenta los puntos conseguidos en las últimas ediciones. De esa forma se determinaron los cabezas de serie, que no podrían enfrentarse entre sí. Estos son los grupos:

Grupo 1
Munster
Sale
Clermont
Montauban
Grupo 2
Wasps
Leinster
Castres
Edinburgh
Grupo 3
Leicester
Perpignan
Ospreys
Treviso
Grupo 4
Stade Francais
The Scarlets
Ulster
Harlequins
Grupo 5
Toulouse
Bath
The Dragons
Glasgow
Grupo 6
Biarritz
Gloucester
Cardiff Blues
Calvisano